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Situées à la convergence antarctique où le mélange des eaux froides de l’Antarctique et des eaux plus chaudes de l’océan Indien stimule la production des chaînes alimentaires, les îles Kerguelen constituent un lieu privilégié de rassemblement de nombreux animaux océaniques, en particulier de ceux qui ont besoin de la terre ferme pour se reproduire. On trouve ainsi sur le littoral d’impressionnantes colonies de reproduction d’éléphants de mer, de manchots royaux, de diverses espèces d’albatros ou de gorfous.
On y trouve aussi par l’introduction volontaire ou involontaire d’animaux exogènes qui se sont acclimatés tel que: lapins, chats, rats, rennes, truites, etc.

La végétation terrestre est assez maigre, formant près du littoral des paysages de toundra, mais se réduisant le plus souvent, dès que la pauvreté du sol s’accentue ou que la rudesse du climat augmente avec l’altitude, à des touffes éparses au milieu d’étendues minérales ou à de discrètes colonies de lichens. On trouve une espèce caractéristique : le chou de Kerguelen (Pringlea antiscorbutica). La végétation marine est en revanche très exubérante, marquée par la présence de vastes forêts sous-marines de Macrocystis ou par une frange côtière de Durvilléas.